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研究における特色
- 世界の研究拠点を目指す研究
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- 熱帯病・新興感染症研究（21世紀COEプログラム：熱帯病・新興感染症の地球規模制御戦略拠点）
- 原爆放射線人体影響と放射線障害国際医療の展開（21世紀COEプログラム：放射線医療科学国際コンソーシアム）
- 海洋環境保全と海洋生物資源育成に関する研究
- 地域に根ざした特色的研究
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- 長崎の地域的，地理的特徴（離島，斜面，過疎）に関する研究
- 「新しい長崎学」の構築とインターネットによる情報発信
- 教育危機対応プロジェクト（心の教育総合支援センター）
- その他の特色的研究
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- 文理融合型の環境科学研究
- 社会基盤施設の維持管理に関する研究
- 東南アジア経済研究