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生产科学研究科始于1988年以工学部和水产学部为基础而成立的海洋生产科学研究科（后期3年博士课程）。在2000、2001年度，为了发展跨学科的教育和研究，将两个学部7个专业的硕士课程改为博士前期课程的5个专业，形成了5年一贯制博士课程的教育研究体制，同时改称为“生产科学研究科”。在博士后期课程中新开设了系统科学专业，加上原有的2个专业改编为“海洋生产科学专业”与“物质科学专业”。此外，为了适应科学技术领域的发展，成为能够进行教育研究的研究科，于2004年度在博士前期课程新设“环境共生政策专业”、“环境保全设计学专业”2个专业，同时在博士后期课程中新设“环境科学专业”。
| 研究科 |
课程 |
专业 |
| 生产科学研究科 |
博士课程（前期） |
机械系统工学专业 |
| 电气信息工学专业 |
| 环境系统工学专业 |
| 物质工学专业 |
| 水产学专业 |
| 环境共生政策学专业 |
| 环境保全设计学专业 |
| 博士课程（后期） |
系统工学专业 |
| 海洋生产科学专业 |
| 物质科学专业 |
| 环境科学专业 |
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