1857年，在长崎奉行所西役所内设立了西洋医学讲习所，由荷兰军医Pompe von Meerdervoort开始了我国最早的系统的西洋医学教育，随后于1861年，作为本院前身的养生所正式开设。此后，名称、所属几经变迁，于1923年成为长崎医科大学附属病院。1945年8月9日，原子弹爆炸夺走了教职员以及学生850多人的宝贵生命，而且设施和设备也遭到毁灭性破坏。
1949年随着学制改革成为长崎大学医学部附属病院，1961年医学部附属病院迎来了创立100周年的纪念。
1982年，齿学部附属病院设立。
2003年10月1日，医学部附属病院与齿学部附属病院合并，改称为长崎大学医学部 齿学部附属病院，现拥有32个诊疗科，25个中央诊疗设施，869个床位。
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