医学部是日本最早的公立医学学校。江户时代晚期的1857年11月12日，荷兰海军军医Pompe von Meerdervoort最早开始了西洋医学的教学。当时，日本全国的人才汇集长崎，学习医学然后在日本各地努力普及医疗。从那时到现在，长崎大学医学部一直从事国际性的活动。
例如，自Siebold在长崎为医学教育做出成就以来，医学部就与Siebold有深厚渊源的德国Wurtzburg大学及荷兰Leiden大学的医学部开展留学生的交流。此外，本学部充分运用在被爆方面所积累的经验，以原爆后障害医疗研究设施为中心，对放射线危害开展了国际性的研究。这些研究成果得到好评，并于2002年新设立了研究生院（大学院医齿药学综合研究科）。
另外，为了培养拥有基于生命和人格尊严的高度精神修养，掌握高级专业知识和技能，能够广泛地为社会做出贡献的高素质的医疗专门人才，于2001年10月新开设了保健学科。
| 学部 |
学科 |
学科目 |
| 医学部（2学科4学科目8讲座） |
医学科 |
构造 机能 代谢学，病态解析医学，疾病制御医学，社会医学 |
| 保健学科 |
讲座 |
| 基础护理学，临床护理学，母婴护理学，地域护理学，基础理学疗法学，临床理学疗法学，基础作业疗法学，临床作业疗法学 |
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