沿革
安政４（１８５７）年１１月１２日，オランダ軍医ポンペ・ファン・メールデルフォールトが，幕府医官松本良順をはじめとする１２名に対し，オランダ語による医学講義を開始した。この医学部の起源である医学伝習所の設置が長崎大学の創基である。
その後の沿革概要は，次のとおりである。
| 日付 | 内容 |
|---|---|
| 1857年11月 | 医学伝習所設置 |
| 1860年 | 市民対象の病院機能，化学・薬剤，図書館，解剖施設，臨床実習機能を完備した養生所を開設（医学部・歯学部附属病院の起源） |
| 1861年9月 | 養生所を拡充して医学所を養生所横に併置（医学教育機関としての整備が完了） |
| 1865年 | 養生所を精得館と改称。１０月，物理・化学などの基礎科学教育機関である分析窮理所を設置 |
| 1868年10月 | 精得館を長崎府医学校と改称 |
| 1869年 | 長崎県病院医学校 |
| 1871年10月 | 長崎県病院医学校が文部省所管となり，長崎医学校と改称 |
| 1874年 | 台湾出兵により，長崎医学校廃止。病院は藩地事務支局病院となる |
| 1874年2月 | 官立長崎師範学校設置 |
| 1874年3月 | 長崎県小学教則講習所設置 |
| 1875年 | 台湾出兵終了により，藩地事務支局病院の建物等が長崎県に復帰。政府補助のもと長崎病院を設置 |
| 1875年2月 | 長崎県小学教則講習所を養成所と改称 |
| 1875年11月 | 官立長崎師範学校附属小学校開設 |
| 1876年1月 | 養成所を小学教師養成所と改称 |
| 1876年5月 | 小学教師養成所を長崎県公立師範学校と改称 |
| 1876年6月 | 長崎病院内に医学場を開設し，医学教育機関が再開 |
| 1877年4月 | 長崎県公立師範学校を崎陽師範学校と改称 |
| 1878年1月 | 長崎病院医学場を長崎医学校と改称 |
| 1878年2月 | 官立長崎師範学校廃止。建物及び備品は長崎県に移管 |
| 1878年6月 | 崎陽師範学校を長崎師範学校と改称 |
| 1879年1月 | 長崎医学校を県立とし，長崎病院を医学校附属に代用 |
| 1883年 | 文部省令医学校通則に基づいて，長崎医学校は甲種医学校（卒業後無試験で医師免許を授与。全国で１３校）に指定される |
| 1884年6月 | 長崎県女子師範学校設置 |
| 1886年4月 | 長崎県女子師範学校が長崎師範学校女子部となる |
| 1886年6月 | 長崎師範学校女子部に附属幼稚園を設置 |
| 1886年6月 | 師範学校令が公布され，長崎師範学校は長崎県尋常師範学校と改称 |
| 1887年8月 | 中学校令に基づいて第五高等中学校医学部を設置。９月，長崎医学校は廃止 |
| 1890年6月 | 第五高等中学校医学部に薬学科を設置（薬学部の起源） |
| 1891年9月 | 西彼杵郡浦上山里村に第五高等中学校医学部，同薬学科が新築移転（坂本キャンパスの設置起源） |
| 1894年9月 | 高等学校令に基づいて第五高等中学校医学部は第五高等学校医学部及び同薬学科と改称 |
| 1898年4月 | 師範教育令に基づいて，長崎県尋常師範学校は長崎県師範学校と改称 |
| 1901年3月 | 専門学校令に基づいて，第五高等学校医学部は第五高等学校から分離独立し長崎医学専門学校及び同薬学科を設置 |
| 1903年 | 長崎県立長崎病院に附属看護婦養成所を設置 |
| 1905年3月 | 長崎高等商業学校を設置（経済学部，片淵キャンパスの起源） |
| 1908年4月 | 長崎県師範学校女子部が長崎県女子師範学校として分離独立 |
| 1917年5月 | 長崎高等商業学校に海外貿易科を設置 |
| 1920年11月 | 長崎高等商業学校に研究館が寄附される（現在の瓊林会館） |
| 1921年 | 長崎県実業補習学校教員養成所を諫早町に設置 |
| 1922年4月 | 長崎県より長崎病院が国に寄附され，これを長崎医学専門学校附属医院とする |
| 1922年4月 | 附属医院に助産婦及看護婦養成所を設置 |
| 1923年3月 | 官立医科大学官制によって長崎医学専門学校は長崎医科大学に昇格し，附属医学専門部及び附属薬学専門部を併置 |
| 1923年3月 | 長崎医学専門学校附属医院は長崎医科大学附属医院となり，助産婦及看護婦養成所を併置 |
| 1925年4月 | 長崎医科大学附属医学専門部廃止 |
| 1928年 | 長崎県実業補習学校教員養成所に水産科新設（水産学部の起源） |
| 1929年2月 | 長崎医科大学附属医院助産婦及看護婦養成所を産婆看護婦養成所に改称 |
| 1929年3月 | 長崎高等商業学校に貿易別科設置 |
| 1929年12月 | 長崎医科大学附属野母臨海実験所落成 |
| 1935年4月 | 長崎県実業補習学校教員養成所を長崎県立青年学校教員養成所と改称 |
| 1937年4月 | 長崎県師範学校，西彼杵郡西浦上村に新築移転（現在の附属小・中学校敷地） |
| 1939年5月 | 長崎医科大学に臨時附属医学専門部設置 |
| 1942年3月 | 長崎県青年学校教員養成所女子部を諫早高等女学校内に開設 |
| 1942年4月 | 長崎医科大学附属東亜風土病研究所設置（熱帯医学研究所の起源） |
| 1942年9月 | 長崎高等商業学校研究館を大東亜経済研究所と改称 |
| 1943年4月 | 師範教育令改正に基づいて，長崎県師範学校・長崎県女子師範学校が統合されて官立長崎師範学校となり，専門学校水準に昇格 |
| 1944年3月 | 長崎高等商業学校を長崎経済専門学校に改称 |
| 1944年4月 | 長崎経済専門学校に長崎工業経営専門学校を併設 |
| 1944年4月 | 師範教育令改正に基づいて，長崎県青年学校教員養成所（男子部・女子部）は官立長崎青年師範学校となり，専門学校水準に昇格，長崎県青年学校教員養成所水産科は廃止 |
| 1944年4月 | 長崎医科大学の臨時附属医学専門部を附属医学専門部に改称 |
| 1945年6月 | 長崎医科大学附属医院産婆看護婦養成所を厚生女学部に改称 |
| 1945年8月 | 長崎市に原爆投下 長崎医科大学（附属医学専門部，附属薬学専門部を含む）８９７名，長崎師範学校５４名，長崎高等商業学校２７名，長崎青年師範学校１名の計９７９名の学生，教職員が犠牲となる |
原爆被災後の復興の歴史は次のとおりです。
| 日付 | 内容 |
|---|---|
| 1946年4月 | 長崎工業経営専門学校廃止。大東亜経済研究所を産業経営研究所と改称 |
| 1946年4月 | 長崎医科大学附属東亜風土病研究所，同風土病研究所と改称 |
| 1947年3月 | 長崎医科大学附属医学専門部廃止 |
| 1947年5月 | 長崎高等学校（旧制）設置 |
| 1948年4月 | 長崎青年師範学校に水産科再設置 |
| 1949年5月 | 国立学校設置法（１９４９年法律第１５０号）により，旧制の長崎医科大学，長崎医科大学附属薬学専門部，長崎経済専門学校，長崎師範学校，長崎青年師範学校，長崎高等学校を包括し，学芸学部（甲類・小学校教員養成科，中学校高等学校教員養成科，乙類・小学校教員養成科，中学校高等学校教員養成科），経済学部（経済学科，商学科），医学部（医学科），薬学部（薬学科），水産学部（漁業学科，水産製造学科，水産増殖学科）の５学部に附属図書館を置き，風土病研究所が附置され，学部附属の学校または教育施設として，学芸学部に小学校・中学校・幼稚園，医学部に病院・病院分院・看護婦養成施設をもつ新制長崎大学を設置 |
| 1950年3月 | 長崎高等学校廃止 |
| 1950年5月 | 大村一般教養部，長崎一般教養部を統合して大村分校設置 |
| 1951年3月 | 長崎大学商業短期大学部併設 |
| 1951年3月 | 医学部附属看護学校設置 |
| 1951年3月 | 長崎医科大学附属薬学専門部，長崎経済専門学校，長崎師範学校，長崎青年師範学校廃止 |
| 1951年6月 | 厚生補導部を補導部と改称 |
| 1953年3月 | 学芸学部が長崎市大橋町に移転（現在の文教キャンパス） |
| 1953年4月 | 水産学部に専攻科（特設専攻科）設置 |
| 1954年4月 | 長崎大学大村分校を長崎大学分校と改称 |
| 1954年4月 | 経済学部に経済学専攻科設置 |
| 1955年4月 | 医学部に講座制施行 |
| 1955年4月 | 大学院医学研究科設置 |
| 1955年4月 | 医学部に附属助産婦学校設置 |
| 1956年1月 | 補導部を学生部と改称 |
| 1956年4月 | 薬学部に薬学専攻科設置 |
| 1960年3月 | 長崎医科大学廃止 |
| 1960年4月 | 水産学部に水産専攻科設置 |
| 1962年4月 | 医学部に附属原爆後障害医療研究施設設置 |
| 1964年4月 | 教養部設置（分校廃止） |
| 1964年4月 | 水産学部に附属練習船「長崎丸」設置 |
| 1965年3月 | 薬学専攻科廃止 |
| 1965年4月 | 大学院薬学研究科設置 |
| 1965年4月 | 学芸学部に学芸専攻科設置 |
| 1966年4月 | 保健管理センター設置 |
| 1966年4月 | 工学部（機械工学科，電気工学科）設置 |
| 1966年4月 | 学芸学部を教育学部と改称，これに伴い学芸専攻科を教育専攻科に改称 |
| 1967年4月 | 教育学部に養護学校教員養成課程設置 |
| 1967年4月 | 薬学部に製薬化学科設置 |
| 1967年4月 | 工学部に構造工学科設置 |
| 1967年6月 | 風土病研究所を熱帯医学研究所と改称 |
| 1967年6月 | 水産学部に附属水産実験所設置 |
| 1968年4月 | 経済学部に貿易学科設置 |
| 1969年4月 | 工学部に土木工学科設置 |
| 1969年12月 | 電子計算機室設置 |
| 1970年4月 | 水産専攻科改廃止（漁業専攻中の特設専攻科を遠洋漁業専攻と改称し，漁業専攻，水産製造専攻，水産増殖専攻は廃止） |
| 1970年4月 | 大学院水産学研究科設置 |
| 1970年4月 | 工学部に材料工学科設置 |
| 1971年2月 | 附属図書館の整備統合（教育学部分館，薬学部分館，水産学部分館，熱帯医学研究所分館廃止・経済学部分館，医学部分館は従来どおり存置) |
| 1971年4月 | 教育学部に附属養護学校設置 |
| 1971年4月 | 経済学部商学科を経営学科と改称 |
| 1971年4月 | 大学院薬学研究科に製薬化学専攻設置 |
| 1971年4月 | 工学部に工学専攻科（機械工学，電気工学，構造工学）設置 |
| 1972年4月 | 工学部に工業化学科設置 |
| 1972年5月 | 医学部に附属原爆医学資料センター設置 |
| 1972年5月 | 薬学部に附属薬用植物園設置 |
| 1973年4月 | 水産学部の漁業学科，水産製造学科及び水産増殖学科を水産学科に改組 |
| 1973年4月 | 工学部工学専攻科に土木工学専攻設置 |
| 1973年4月 | 教育学部に附属教育工学センター設置 |
| 1974年4月 | 大学院水産学研究科漁業学専攻，水産製造学専攻及び水産増殖学専攻を水産学専攻に改称 |
| 1974年4月 | 工学部工学専攻科に材料工学専攻設置 |
| 1974年4月 | 教育学部に幼稚園教員養成課程設置 |
| 1974年4月 | 医学部附属原爆医学資料センターを医学部附属原爆被災学術資料センターと改称 |
| 1974年4月 | 熱帯医学研究所に附属熱帯医学資料室設置 |
| 1975年4月 | 水産学部に附属練習船「鶴洋丸」設置 |
| 1975年6月 | 排水等分析センター設置 |
| 1976年4月 | 工学部に電子工学科設置 |
| 1976年4月 | 大学院工学研究科設置 |
| 1976年4月 | 九州地区国立大学島原共同研修センター設置 |
| 1977年4月 | 工学研究科に土木工学専攻設置 |
| 1977年4月 | 工学専攻科廃止 |
| 1977年4月 | 歯学部創設準備室設置 |
| 1977年4月 | 商業短期大学部商業学科を商経学科（経済・法律専攻，経営情報専攻）と改称 |
| 1978年3月 | ＲＩセンター設置 |
| 1978年4月 | 工学部に機械工学科第二学科設置 |
| 1979年4月 | 熱帯医学研究所に附属熱帯性病原体感染動物実験施設設置 |
| 1979年4月 | 附属図書館医学部分館を医学分館と改称 |
| 1979年5月 | 情報処理センター設置（電子計算機室廃止） |
| 1979年10月 | 歯学部歯学科設置 |
| 1979年10月 | 歯学部創設準備室廃止 |
| 1979年11月 | 排水等分析処理センター設置（排水等分析センター廃止） |
| 1980年4月 | 医学部に附属動物実験施設設置 |
| 1980年4月 | 歯学部に附属病院創設準備室設置 |
| 1981年4月 | 工学研究科に電子工学専攻設置 |
| 1982年4月 | 歯学部附属病院設置 |
| 1982年4月 | 歯学部附属病院創設準備室廃止 |
| 1982年4月 | 商業短期大学部商経学科の専攻課程を２専攻課程から３専攻課程（経済専攻，経済法学専攻，経営情報専攻）に改組 |
| 1983年4月 | 工学研究科に機械工学第二専攻設置 |
| 1983年4月 | 医療技術短期大学部創設準備室設置 |
| 1983年4月 | 国際交流会館設置 |
| 1984年4月 | 医療技術短期大学部（看護学科）併設 |
| 1984年4月 | 医療技術短期大学部創設準備室廃止 |
| 1984年4月 | 商業短期大学部を商科短期大学部と改称 |
| 1984年4月 | 水産学部水産学科１８講座を６大講座に改組 |
| 1984年10月 | 医療技術短期大学部に理学療法学科及び作業療法学科設置 |
| 1986年4月 | 医学部附属看護学校廃止 |
| 1986年4月 | 大学院歯学研究科設置 |
| 1986年4月 | 薬学研究科に医療薬科学専攻（博士課程前・後期）設置（薬学専攻及び製薬化学専攻を改組） |
| 1986年4月 | 薬学部の薬学科及び製薬化学科を薬科学科に改組 |
| 1986年4月 | 教育学部に附属教育実践研究指導センター設置（附属教育工学センター廃止） |
| 1986年6月 | 計測・分析センター設置 |
| 1986年6月 | 外国人留学生指導センター設置 |
| 1986年9月 | 環境保全センター設置（排水等分析処理センター廃止） |
| 1987年4月 | 医学部附属助産婦学校廃止 |
| 1987年4月 | 工学研究科に海洋生産開発学専攻（後期３年博士課程）設置 |
| 1987年4月 | 医療技術短期大学部に専攻科（助産学特別専攻）設置 |
| 1988年4月 | 大学院海洋生産科学研究科（後期３年博士課程）設置 |
| 1988年4月 | 大学院工学研究科海洋生産開発学専攻は，海洋生産科学研究科へ移行 |
| 1988年4月 | 工学部電気工学科及び電子工学科を電気情報工学科に改組 |
| 1988年4月 | 総合情報処理センター設置（情報処理センター廃止） |
| 1989年5月 | 熱帯医学研究所を全国共同利用の研究所に改組 |
| 1990年4月 | 工学部機械工学科及び機械工学第二学科を機械システム工学科に改組 |
| 1990年6月 | 地域共同研究センター設置 |
| 1991年4月 | 経済学部経済学科８学科目を３大学科目に，経営学科８学科目を２大学科目に，貿易学科６学科目をファイナンス学科２大学科目に改組，２共通学科目を廃止 |
| 1991年4月 | 工学部構造工学科４講座を２大講座に，土木工学科４講座を社会開発工学科２大講座に，材料工学科４講座を２大講座に，工業化学科４講座を応用化学科２大講座に改組 |
| 1991年4月 | アイソトープ総合センター設置（ＲＩセンター廃止） |
| 1992年4月 | 大学院工学研究科電気工学専攻及び電子工学専攻を電気情報工学専攻と改称 |
| 1993年4月 | 生涯学習教育研究センター設置 |
| 1994年4月 | 大学院教育学研究科設置 |
| 1994年4月 | 教育専攻科廃止 |
| 1994年4月 | 大学院工学研究科機械工学専攻及び機械工学第二専攻を機械システム工学専攻と改称 |
| 1994年6月 | 熱帯医学研究所１０部門を３大部門に改組 |
| 1995年4月 | 大学院経済学研究科設置 |
| 1995年4月 | 経済学専攻科廃止 |
| 1995年4月 | 大学院工学研究科土木工学専攻を社会開発工学専攻に，工業化学専攻を応用化学専攻に改称 |
| 1996年5月 | 留学生センター設置（外国人留学生指導センター廃止） |
| 1997年4月 | 医学部に附属原爆後障害医療研究施設設置（附属原爆後障害医療研究施設及び附属原爆被災学術資料センター廃止） |
| 1997年4月 | 水産学部附属海洋資源教育研究センター設置（附属水産実験所廃止） |
| 1997年4月 | 熱帯医学研究所に附属熱帯病資料情報センター設置（附属熱帯医学資料室廃止） |
| 1997年10月 | 環境科学部環境科学科設置 |
| 1997年10月 | 教養部廃止 |
| 1997年10月 | 経済学部経済学科，経営学科及びファイナンス学科を総合経済学科に改組（昼夜開講制の実施） |
| 1998年4月 | 教育学部小学校教員養成課程，中学校教員養成課程，養護学校教員養成課程及び幼稚園教員養成課程を学校教育教員養成課程及び情報文化教育課程に改組 |
| 1998年4月 | 大学院教育学研究科教科教育専攻に保健体育専修及び家政教育専修設置 |
| 1998年4月 | 工学部電気情報工学科を電気電子工学科及び情報システム工学科に改組 |
| 1998年4月 | 機器分析センター設置（計測・分析センター廃止） |
| 1999年4月 | 大学院薬学研究科に臨床薬学専攻（独立専攻）を設置し，医療薬科学専攻を薬科学専攻に改称 |
| 1999年4月 | 副学長設置（学生部長の廃止） |
| 1999年4月 | 事務局・学生部の事務局一元化に伴い学務部設置（学生部の廃止） |
| 2000年4月 | 大学院教育学研究科教科教育専攻に社会科教育専修及び理科教育専修設置 |
| 2000年4月 | 大学院医学研究科に新興感染症病態制御学系専攻（独立専攻）設置 |
| 2000年4月 | 大学院生産科学研究科（区分制博士課程）設置 |
| 2000年4月 | 遺伝子実験施設設置 |
| 2000年4月 | 長崎大学商科短期大学部（併設）廃止 |
| 2001年4月 | 大学院生産科学研究科海洋生産開発学専攻及び海洋資源学専攻を海洋生産科学専攻及び物質科学専攻に改組 |
| 2001年4月 | 教育学部に附属教育実践総合センター設置（附属教育実践研究指導センター廃止） |
| 2001年4月 | 熱帯医学研究所に附属熱帯感染症研究センター設置（附属熱帯病資料情報センター廃止） |
| 2001年4月 | 医学部医学科の３１小講座，１大講座を６大講座に改組 |
| 2001年10月 | 医学部に保健学科を設置 |
| 2002年4月 | 大学院環境科学研究科設置 |
| 2002年4月 | 大学院医歯薬学総合研究科設置 |
| 2002年4月 | 大学教育機能開発センター設置 |
| 2002年4月 | アドミッションセンター設置 |
| 2002年4月 | 医学部医学科の６大講座を４大学科目に改組 |
| 2002年4月 | 歯学部歯学科の１８小講座を３大学科目に改組 |
| 2002年4月 | 薬学部薬科学科の４大講座を２大学科目に改組 |
| 2003年4月 | 大学院医歯薬学総合研究科に附属原爆後障害医療研究施設及び附属薬用植物園設置（学部附属施設から研究科附属施設へ移行） |
| 2003年4月 | 先導生命科学研究支援センター設置（アイソトープ総合センター，遺伝子実験施設及び医学部附属動物実験施設の廃止） |
| 2003年10月 | 医学部・歯学部附属病院設置 （医学部附属病院及び歯学部附属病院の統合） |
| 2003年10月 | 医歯薬学総合研究科事務部設置（医学部，歯学部，薬学部及び医療技術短期大学部の各事務部の廃止） |
| 2004年4月 | 国立大学法人長崎大学設置 |
| 2004年4月 | 水産学部の水産専攻科廃止 |
| 2004年4月 | 知的財産本部設置 |
| 2004年4月 | 大学院経済学研究科に博士後期課程経営意思決定専攻を設置 |
| 2004年4月 | 大学院生産科学研究科に環境共生政策学専攻及び環境保全設計学専攻（博士前期課程）並びに環境科学専攻（博士後期課程）設置 |
| 2004年12月 | 情報メディア基盤センター設置（総合情報処理センターの廃止） |
| 2004年12月 | 共同研究交流センター設置（地域共同研究センター，機器分析センター及び環境保全センターの廃止） |
| 2005年4月 | 計画・評価本部設置 |
| 2005年4月 | 国際連携研究戦略本部設置 |
| 2005年4月 | 環東シナ海海洋環境資源研究センター設置（水産学部附属施設の廃止） |
| 2005年4月 | 心の教育総合支援センター設置（時限設置） |
| 2005年4月 | 長崎大学医療技術短期大学部（併設）廃止 |
| 2006年2月 | 大学院海洋生産科学研究科廃止 |
| 2006年4月 | 大学院医歯薬学総合研究科に熱帯医学専攻（修士課程）及び保健学専攻（修士課程）設置 |
| 2006年4月 | 薬学部薬科学科を６年制課程の薬学科及び４年制課程の薬科学科に改組 |
| 2006年5月 | 大学院歯学研究科廃止 |
| 2006年7月 | 産学官連携機構設置 |
| 2007年2月 | 大学院薬学研究科廃止 |
| 2007年3月 | 大学院環境科学研究科廃止 |
| 2008年4月 | 教育学部学校教育教員養成課程及び情報文化教育課程の２課程を学校教育教員養成課程の１課程に改組 |
| 2008年4月 | 大学院教育学研究科に教科実践専攻（修士課程）及び教職実践専攻（専門職学位課程）設置 |
| 2008年4月 | 大学院国際健康開発研究科設置 |
| 2008年4月 | 熱帯医学研究所に附属アジア・アフリカ感染症研究施設及び附属熱帯医学ミュージアム設置（附属熱帯感染症研究センター廃止） |
| 2008年4月 | 保健管理センターを保健・医療推進センターに改組 |
| 2009年4月 | 医学部・歯学部附属病院を病院に改組 |
| 2009年10月 | 男女共同参画推進センター設置（時限設置） |
| 2010年4月 |
大学院医歯薬学総合研究科に生命薬科学専攻（修士課程）設置 広報戦略本部設置 国際連携研究戦略本部東京オフィス設置 先端計算研究センター設置 |